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Régénérer ses cellules, vaste programme, avec en prime un titre provocateur, mais pourquoi donc, pourquoi cette envie de secouer le cocotier ? Je m’explique…

En 1986, le 26 avril, eu lieu une catastrophe nucléaire en Ukraine. Là, a été jeté dans l’atmosphère l’équivalent radioactif de 400 fois la bombe d’Hiroshima suite à la fusion du réacteur de la centrale nucléaire de Tchernobyl. A l’époque, les politiques et les médias de France nous disaient de ne pas nous alarmer outre mesure, que le fameux nuage radioactif de Tchernobyl ne passerait pas la frontière! Nous étions donc à l’abri, pas de soucis, braves gens. Oui mais, sauf que, nous connaissons la suite, une prolifération de cancers sur le territoire après la contamination des sols français. Il n’y avait pas plus de protection au niveau de nos frontières que de beurre en broche, tout circulait, passait au rythme du vent.

Cellules, plasma sanguin. (crédit photo geralt)

Pourquoi suis-je là à vous parler de cette catastrophe dans un article sur comment régénérer ses cellules, un article sur le rajeunissement, quel est le rapport?

Pour se régénérer, nos cellules, notre corps, ont besoin de nourriture, d’aliments sains, or que faites-vous ? Vous ingérez ce que vous ne donneriez même pas à votre pire ennemi. Vous vous empoisonnez quotidiennement, oh pas uniquement par le biais de l’alimentation (je vais y revenir un peu plus loin)! Non, l’humain a trouvé des techniques plus subtiles encore pour mieux se faire dépérir, se faire vieillir prématurément (ses cellules ne pouvant plus se régénérer correctement), se faire pourrir de l’intérieur tout en pensant rendre son apparence – ce que je nomme souvent des appâts rances – flatteuse . Tout ce que vous mettez sur votre peau, sur vos cheveux, sur vos ongles, sur votre corps, peu importe l’endroit, tout, absolument tout ce que vous y mettez, entrera à l’intérieur de celui-ci. Non, il n’y a pas de frontière. Non, il n’y a pas de protection contre l’usage intensif que vous faites des gels douches, bains moussants, savons, shampoings, après-shampoings, soins et crèmes hydratantes pour cheveux, teintures! produits de maquillage (et là la liste est longue: fards à joues et à paupières, mascara, crayon, eye liner, poudre, fond de teint, etc.), vernis à ongles, dissolvant, mais aussi crèmes antirides, soins hydratants pour le visage et le corps, lotions démaquillantes, mousse à raser! déodorants, anti-transpirants, crème solaire, crème dépilatoire, dentifrice, etc.

Position du TSS de BRCA1 d'après la ligne "" des annotations GENCODE.

Alors qu'intuitivement, en suivant une règle majoritaire, j'aurais plutôt tendance à privilégier ce site d'initiation là :

Le principal TSS de BRCA1, d'après votre serviteur.

Utiliser les lignes " gene " de fichier d'annotation GENCODE pour obtenir une liste d'un unique site d'initiation de la transcription par gène me semble donc assez maladroit pour un nombre important de gènes.

Pour ma part, je prends plutôt le site d'initiation médian de tout les transcrits d'un gène, excluant ainsi les quelques transcrits suspicieux commençant soit très tôt, soit très tard. Dans les cas où il y a un nombre pair de transcrit, je ne prends pas la moyenne des coordonnées des deux TSS du milieu, mais bien l'un des deux (en l’occurrence, le TSS du premier des deux "transcrits du milieu").

Voici par exemple le petit script R que je me suis fait, qui part du fichier GFF3 fournit par GENCODE (pour plus de détails, voir cet article ), et retourne un fichier d'un unique TSS par gène. Le script n'est pas des plus rapides malheureusement, mais je n'ai à le faire tourner qu'une seule fois par fichier d'annotation.

Si je ne veux que la position des TSS et pas le start et le end du transcrit du milieu, je rajoute cette étape :

La fonction est facilement adaptable lorsqu'on en souhaite non pas le site d'initiation de la transcription du milieu, mais le site de terminaison de la transcription du milieu !

Après intense réflexion, au lieu de prendre le TSS médian, il pourrait être judicieux de retenir le des TSS des transcrits d'un gène ? Il faut cependant une implémentation maline qui traite judicieusement les cas où il y a autant de TSS différents que de transcrits...

Je vous ai donc proposé une méthode simple pour sélectionner un seul site d'initiation de la transcription par gène. Il est fort probable que pour un certain nombre de gènes, le site d'initiation "majoritaire" soit variable en fonction du tissu : tel TSS sera favorisé dans un type cellulaire, mais un autre TSS le sera dans un autre tissu. Une autre méthode, beaucoup plus lourde, mais plus maline, pourrait donc consister à identifier le TSS majoritaire de vos types cellulaires d’intérêts d'après les données CAGE du consortium ara DavosStGoreTex 4983205 Bottes femme NoirTRF5479 39 EU CafèNoir OHC944 Chaussures Compensées Femme Fibres Textiles Taupe 40 schwarz iNUXKfna
(du moins, pour l'humain et la souris).

Une des découvertes de ce consortium a d'ailleurs été que l'idée d'un site d'initiation de la transcription bien défini n'était sans doute pas valide pour tous les gènes. Les promoteurs riches en CpG auraient plutôt une "zone" diffuse d'initiation de la transcription [1].

Enfin, si l'on s’embête tant avec ces histoires de TSS unique par gène, c'est que bien souvent nous ne possédons une mesure d'expression qu'au niveau du gène. Mais les progrès techniques et algorithmiques en RNA-seq font que la quantification au niveau des transcrits directement est de plus en plus fiable [2]. Raisonner avec des transcrits permet d'éviter tous ces détours méthodologiques à la recherche de la "bonne liste" des TSS.

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Les punaises prédatrices

Parmi les punaises (Hemiptera,sous-ordreHeteroptera), à côté des Chaussures Nike Blazer roses homme Skechers USA Men's Expected Avillo Slip-On Loafer Rxqz02qSaU
, on trouve des auxiliaires des cultures zoophages appartenant à plusieurs familles : - les Anthocoridae (pirate bugs) : Cette famille de punaises mesurant 1,5 à 5 mm de long, au corps aplati souvent de coloré en noir et blanc. Cette famille comprend des auxiliaires, prédateurs non specifiques de différents insectes ravageurs, dont le plus connu est Orius (Orius) laevigatus (Fieber 1860) utilisé en culture sous serre (figure) avec succès, pour lutter contre le thrips californien ( Frankliniella occidentalis ). Le genre Anthocoris est aussi un bon auxiliaire. Ces insectes piquent leurs proies avec leur proboscis (pièce buccale) et injectent des enzymes qui digèrent le contenu du corps de leur proie qu'ils aspirent ensuite.

les Anthocoridae

- Les Lygaeidae Geocorinae (ou Geocoridae) (big-eyed bugs) :

Les Lygaeidae Geocorinae

Dans cette famille les Geocoris, adultes de 3 mm environ,qui sont caractérisés par de très grands yeux réniformes(figure) sont des prédateurs intéressants, ils chassent pucerons, cocheniles, chenilles. On les trouvent sur les fabacéesou les lamiées mais pas uniquement.

- les Miridae (ou Capsidae, capsid bugs) :

les Miridae

C'est une très vaste famille de punaises comprenant plus de 10000 espèces, de forme allongée et mesurant moins de 12 mm. Ces punaises vraies sont caractérisées par l'absence d'ocelles (yeux simples), un rostre à 4 segments et des tarses tri-articulés. Certains membres de cette famille peuvent être très colorés. Outre des ravageurs des cultures comme Chaussures à élastique Irregular Choice roses femme Black 39 1/2 EU BtONDGH
, on trouve dans cette famille des prédateurs d'insectes (acariens, psylles, pucerons et thrips) comme Heterotoma (figure), Atractotomus, Deraeocoris (figure), Phytocoris, Malacocoris (figure) et Pilophorus . Stethoconus cyrtopeltis est un prédateur du tigre du poirier ( Stephanitis pyri ). Macrolophus pygmaeus (Rambur 1839), anc. M. caliginosus (figure), punaise verte aux yeux rouges, originaire des pays méditerranéens, est utilisée en serre pour lutter particulièrement contre les aleurodes ( Trialeurodes vaporariorum , Bemisia tabaci ). Nesidiocoris tenuis (Reuter, 1895) est conseillé pour la lutte contre Tuta absoluta (Lepidoptera, Gelichiidae) nouveau ravageur de la tomate. Myrmecoris gracilis qui ressemble à une fourmi est un prédateur de pucerons.

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